Author Topic: spike-mutations  (Read 199 times)

gsgs

  • Administrator
  • Full Member
  • *****
  • Posts: 196
    • View Profile
spike-mutations
« on: December 22, 2020, 12:42:56 pm »
Code: [Select]

  29,  26,   1,C21575T,   L5F,               
 937, 435,  36,C21614T,  L18F,20A.EU1=B.1.177
   9,  10,   0,C21627T,  T22I,               
  31,  11,   0,A21631T,  Q23H,               
  41,  17,   7,C21637T,      ,               
   6,   7,   0,C21638T,  P26S,               
   2,   6,   0,C21727T,      ,               
  30,   6,   5,G21800T,  D80Y,               
   9,  10,   0,C21855T,  S98F,               
   0,   6,   0,C22000T,      ,               
   2,   6,   0,T22016A, W152R,               
  81,   6,   0,G22051T,      ,               
  15,   6,   8,A22053C, N164T,               
   7,   8,   3,C22075T,      ,               
  18,   7,   0,C22088T, L176F,               
   7,   9,   3,G22131T, R190M,               
  15,  19,   0,G22205C, D215H,               
  16,  11,   0,C22224T, S221L,               
1584, 908,  73,C22227T, A222V,20A.EU1=B.1.177
  13,  10,   0,C22329T, S256L,               
  58,  52,   3,G22346T, A262S,        B.1.177
  39,  39,   0,C22377T, P272L,               
  20,  13,   1,C22388T,      ,               
   0,  19,   0,C22432T,      ,               
  63,  47,   2,C22444T,      ,         B.1.36
   1,   8,   0,C22530T, T323I,               
   1,   7,   1,A22546G,      ,               
  36,  33,   3,C22879A, N439K,          B.1.5
   2,  13,   1,G22918T,      ,               
  43,  16,   0,G22992A, S477N,               
   6,  10,   0,T23042C, S494P,               
 423, 880,  12,A23063T, N501Y,        B.1.1.7
 406, 885,  14,C23271A, A570D,        B.1.1.7
  42,  25,   4,G23311C, E583D,               
   6,  19,   3,T23323C,      ,               
   9,   6,   0,G23401T, Q613H,               
2344,2015, 104,A23403G, D614G,               
 409, 889,  14,C23604A, P681H,        B.1.1.7
   1,   6,   0,G23608T,      ,               
  12,  10,   0,C23625T, A688V,               
  28,  24,   0,C23644T,      ,               
  11,  11,   0,C23679T, A706V,               
 407, 883,  14,C23709T, T716I,        B.1.1.7
   0,   6,   0,T23866C,      ,               
   5,  14,   1,G23873T, A771S,               
  21,  10,   0,T24088C,      ,               
  19,  35,   1,C24106T,      ,               
   1,   6,   0,C24130T,      ,               
   1,   6,   0,C24138A, T859N,               
   4,   9,   0,C24138T, T859I,               
 347, 235,  16,C24334T,      ,               
   7,  15,   0,C24378T, S939F,               
  32,   9,   0,C24382T,      ,               
 406, 885,  14,T24506G, S982A,        B.1.1.7
  11,   8,   0,G24620T,A1020S,               
  14,  10,   0,T24769C,      ,               
   3,   8,   0,G24781T,K1073N,               
  30,  19,   1,T24910C,      ,               
 406, 887,  14,G24914C,D1118H,        B.1.1.7
   1,   8,   1,T24979C,      ,               
   4,   6,   0,C25000T,      ,               
   2,   7,   0,G25049K,      ,               
  45,  71,   0,G25049T,D1163Y,        B.1.177
  46,  76,   0,G25062T,G1167V,        B.1.177
  12,  14,   0,C25096T,      ,               
   4,  14,   1,C25349A,P1263T,       
-----------------------------------------------------
2345,2027,0104,total genomes     
0049,0050,0051,week         



frequency of spike-mutations in 133277 full genomes
in week 50 from cogconsortium , 2020/12/22


831,45416,151499


checking for the new strain B.1.1.7 = VUI202012/01 = VOC2020

prevalence in UK : http://magictour.free.fr/b117a.GIF

2020/12/08 , genbank=5/44708 , UK=1203(1050)/131631
2020/12/15 , DE=0/747 , UK=1289/133960
2020/12/17 , DE=0/764 , UK=141600 new strain-names
2020/12/20 , UK=2100/146416
2020/12/21 , DE=0/834,UK=3042/150173
2020/12/22 , DE=834,genbank=,UK=3063/150399
2020/12/23 , DE=0/831,genbank=45416,UK=3094/151499,RKI:0/1742



I downloaded the 133277 aligned sequences from cogconsortium (3.9GB)
and processed/converted them into a better format :
http://magictour.free.fr/sars2uk8.7z (2MB)
this takes many hours each day for me , because of the big files.
Is someone else doing this ?

Can we coordinate, exchange the processed/improved data ?

-------------------------------------------

viruses with many spike-amino-acid mutations :

genbank, USA,CA : S13I,C136G,W152C,L452R
UK, B.1.1.7 , B.1.258 , B.1.37 , B.1.315 , B.1.177 ,  B.1.160 , B.1.5 ,  B.1.351 (SA)

file spisur.12a :  sequences with >=5? spike-amino-acid-mutations (2020/12/28)

Code: [Select]

    182,B.1.177.9
     55,B.1.177
     31,B.1.258.4
     25,B.1.1.37
     14,B.1.177.6
     11,B.1.177.17
      4,B.1.1
      3,B.1.160.7
      1,B.1.5.34
      1,B.1.351
      1,B.1.1.194


Code: [Select]

    329,D614G
    286,A222V
    222,A262S
    184,D80Y
    183,N164T

    127,E583D
     57,L5F
     46,L18F
     40,P272L
     32,G1219V
     31,V772I
     31,N439K
     31,L189F
     28,H655Y
     27,T95I
     25,D574Y
     18,V308L
     15,Q23H
     15,A1020S
     12,I1216V
     11,L176F
      8,N536S
      8,G446V
      8,D796H
      8,A520S
      7,G1167V
      7,D1163Y
      6,Q613H
      6,D215H
      5,S98F
      5,S477N
      5,R346K
      4,K1205N
      4,A1226V
      3,W152R
      3,T678I
      3,S884F
      3,S221L
      3,R21K
      3,P681L
      3,L244F
      3,G482S
      3,F329L
      3,A871S
      2,T716I
      2,S982A
      2,R190K
      2,Q677H
      2,Q675R
      2,Q218H
      2,P681H
      2,P384L
      2,N501Y
      2,L552F
      2,L1141F
      2,K1191N
      2,H146Y
      2,E484K
      2,E1150D
      2,D936Y
      2,D215Y
      2,D215V
      2,D138Y
      2,D1118H
      2,A845S
      2,A783T
      2,A771S
      2,A706V
      2,A688V
      2,A570D
      2,A522V
      2,A522S
      2,A1174V
      2,A1078S
      1,Y269C
      1,Y266C
      1,Y200C
      1,Y145N
      1,V687L
      1,V539I
      1,V445I
      1,V36L
      1,V367F
      1,V213A
      1,V1230A
      1,V1104L
      1,T768N
      1,T63N
      1,T51I
      1,T307N
      1,T22I
      1,T20I
      1,T19K
      1,S937L
      1,S813I
      1,S735A
      1,S691F
      1,S659L
      1,S50L
      1,S494P
      1,S151T
      1,S12F
      1,S1261F
      1,S1242I
      1,S1175P
      1,R765L
      1,R214L
      1,Q314K
      1,P9L
      1,P681R
      1,P561T
      1,P384S
      1,P1079S
      1,N925S
      1,N556Y
      1,N211T
      1,L822F
      1,L455F
      1,L216F
      1,L141F
      1,K444R
      1,K417N
      1,K1181I
      1,K1073N
      1,I468V
      1,I210T
      1,I1179V
      1,H146Q
      1,G482A
      1,G476F
      1,G181V
      1,G181A
      1,G142V
      1,G1124V
      1,F2L
      1,F157S
      1,F157L
      1,E484R
      1,E1182Q
      1,D80A
      1,D215G
      1,D1257Y
      1,D1153Y
      1,D1084Y
      1,A924V
      1,A924S
      1,A879V
      1,A846V
      1,A701V
      1,A668S
      1,A653V
      1,A647S
      1,A27S
      1,A243S
      1,A163V

« Last Edit: January 08, 2021, 11:11:11 am by gsgs »

Share on Facebook Share on Twitter


gsgs

  • Administrator
  • Full Member
  • *****
  • Posts: 196
    • View Profile
Re: spike-mutations
« Reply #1 on: January 08, 2021, 11:11:49 am »
Code: [Select]
D00614G,135340,143930,8590
A00222V, 56710, 60647,3937
N00501Y,  6060,  9928,3868
P00681H,  5659,  9517,3858
T00716I,  5624,  9471,3847
D01118H,  5576,  9422,3846
S00982A,  5568,  9413,3845
A00570D,  5569,  9413,3844
L00018F, 31126, 33762,2636
A00262S,  2873,  3053, 180
E00583D,  1929,  2091, 162
N00439K,  3669,  3794, 125
L00005F,  2270,  2394, 124
P00272L,  1896,  2008, 112
S00477N,  2928,  3034, 106
D00080Y,  1134,  1227,  93
Q00023H,   591,   660,  69
G00181V,   248,   317,  69
N00164T,   648,   708,  60
S00256L,   743,   800,  57
A00706V,   141,   196,  55
S00098F,   809,   859,  50
D00215H,   883,   930,  47
A01020S,   227,   269,  42
Q00613H,   210,   252,  42
S00494P,   101,   143,  42
L00176F,   886,   924,  38
D01163Y,  1730,  1766,  36
P01069S,   173,   209,  36
G01167V,  1704,  1738,  34
A00688V,   833,   863,  30
A00701V,    81,   111,  30
S00939F,   246,   274,  28
H00655Y,  1078,  1104,  26
Q00675H,   215,   240,  25
N00185S,   101,   126,  25
P00026S,   307,   331,  24
S00254F,   124,   147,  23
D00138Y,    76,    98,  22
H00049Y,    93,   114,  21
E00484K,    23,    44,  21
Q00677H,   198,   218,  20
D00080A,    24,    44,  20
P00681R,    21,    41,  20
A00831V,    18,    38,  20
K00417N,    13,    33,  20

-------------------------------

spike amino-acid mutations at cog-uk

A:mutation
B:occurrances Jan03
C:occurrances Jan07
D:occurrances between Jan03 and Jan07



Code: [Select]
B.1.351        9,   29,  20
B.1.1.7     5579, 9432,3853


B.1.177    42296,46609,4313
B.1.1.7     5579, 9432,3853
B.1.177.7   2313, 2768, 455
B.1.177.4   3488, 3795, 307
B.1         5562, 5833, 271
B.1.1.37    4374, 4590, 216
B.1.177.15  1226, 1422, 196
B.1.1.315   4081, 4257, 176
B.39         183,  343, 160
B.1.1      11496,11650, 154
B.1.177.16   898, 1032, 134
B.1.160     1924, 2048, 124
B.1.1.311   2469, 2584, 115
B.1.36.17   1915, 2010,  95
B.1.36       652,  744,  92
B.1.177.6    604,  695,  91
B.1.177.9    647,  732,  85
B.1.160.7    596,  681,  85
B.1.177.18   459,  544,  85
B.1.1.1     5470, 5553,  83
B.1.1.307   2015, 2098,  83
B.1.177.5    479,  545,  66
B.1.1.301    700,  763,  63
B.1.1.71      23,   86,  63
B.1.258.7    418,  477,  59
B.1.177.10   348,  405,  57
B.1.160.1     96,  152,  56
B.1.1.70     666,  721,  55
B.1.258.11     2,   57,  55
B.1.1.279   1041, 1095,  54
B.1.177.20   453,  507,  54
B.1.1.300     36,   90,  54
B.1.177.17   827,  878,  51
B.1.221      667,  712,  45
B.1.177.22    76,  120,  44
B.1.258.10    41,   85,  44
B.1.160.6    129,  169,  40
B.1.36.6      99,  136,  37
B.1.1.125     60,   96,  36
B.1.177.8    870,  903,  33
B.1.247      118,  151,  33
B.1.258     1787, 1819,  32
B.1.258.3    406,  437,  31
B.1.222      170,  200,  30
B.1.1.130     78,  108,  30
B.1.177.19   445,  474,  29
B.1.1.10     469,  497,  28
B.1.1.49      33,   61,  28
B.1.1.238      0,   28,  28
B.1.254       26,   52,  26
A             66,   91,  25
B.1.177.2    182,  204,  22
B.1.1.286    323,  344,  21
B.1.1.196    153,  173,  20
B.1.104       96,  116,  20
B.1.351        9,   29,  20
B.1.1.240    176,  194,  18
B.1.177.26   129,  147,  18
B.1.246       21,   39,  18
B.1.1.282     11,   29,  18
B.1.1.5        6,   24,  18
B.1.1.101      0,   16,  16
B.1.235      859,  874,  15
B.1.1.105      4,   19,  15
B.1.1.236     90,  104,  14
B.1.177.11   564,  577,  13
B.1.141       59,   72,  13
B.26          29,   42,  13
B.1.1.197      7,   20,  13
B.1.1.303    350,  362,  12
B.48         147,  159,  12
B.1.258.4    205,  216,  11
B.1.36.9     203,  214,  11
B.1.1.204     68,   79,  11
B.54          65,   76,  11
B.52          59,   70,  11
B.47           5,   16,  11
B.1.362      204,  214,  10
B.1.1.234     47,   57,  10
B.32          25,   35,  10
B.1.36.1      25,   35,  10
B.1.1.316      8,   18,  10
B.3          508,  517,   9
B.18          11,   20,   9
B.1.1.304    139,  147,   8
B.1.1.264    136,  144,   8
B.1.131       28,   36,   8
B.1.1.190     10,   18,   8
B.1.1.285      0,    8,   8
B.1.258.12   101,  108,   7
B.1.1.43      49,   56,   7
B.1.1.292     46,   53,   7
B.1.1.46      10,   17,   7
B.1.5.34       6,   13,   7
B.1.111        3,   10,   7
B.1.1.198    418,  424,   6
B.1.1.44     340,  346,   6
B.1.160.2    121,  127,   6
B.1.1.232     88,   94,   6
B.1.1.170     65,   71,   6
B.1.353        1,    7,   6
B.1.1.4      473,  478,   5
B.1.98       461,  466,   5
B.1.367      268,  273,   5
B.1.1.217    251,  256,   5
B.1.177.13   106,  111,   5
B.1.1.12      77,   82,   5
B.1.1.50      53,   58,   5
B.1.240       49,   54,   5
B.1.1.159     42,   47,   5
B.1.1.153     30,   35,   5
B.1.248       28,   33,   5
B.1.2         25,   30,   5
B.1.1.248     25,   30,   5
B.1.1.106      9,   14,   5
B.1.1.103      5,   10,   5
B.1.35       217,  221,   4
B.1.160.4    179,  183,   4
B.1.146      159,  163,   4
B.10         118,  122,   4
B.1.1.189     76,   80,   4
B.1.1.274     69,   73,   4
B.1.201       64,   68,   4
B.1.36.16     62,   66,   4
B.1.258.6     46,   50,   4
B.1.229       29,   33,   4
B.1.1.20      11,   15,   4
B.1.36.3       0,    4,   4
B.1.1.126      0,    4,   4
B.1.1.255    294,  297,   3
B.1.1.3      103,  106,   3
B.1.236       74,   77,   3
B.1.1.39      65,   68,   3
B.1.1.54      24,   27,   3
B.1.11        19,   22,   3
B.1.5.33      18,   21,   3
B.1.1.114      3,    6,   3
C.14           1,    4,   3
B.1.102        0,    3,   3
B.1.1.62       0,    3,   3
B.1.1.239      0,    3,   3
B.1.1.89     146,  148,   2
B.31         132,  134,   2
B.1.36.12    100,  102,   2
B.1.1.294     96,   98,   2
B.1.1.299     73,   75,   2
B.1.1.15      69,   71,   2
B.1.3         26,   28,   2
B.1.1.86      26,   28,   2
B.1.1.288     23,   25,   2
B.1.1.163     22,   24,   2
B.1.77        21,   23,   2
B.1.275       20,   22,   2
B.1.1.133     17,   19,   2
B.1.1.131     16,   18,   2
B.6           11,   13,   2
B.1.1.162      4,    6,   2
B.1.1.182      3,    5,   2
B.1.213        2,    4,   2
B.1.334        0,    2,   2
B.1.260        0,    2,   2

B.1.5       2890, 2678,-212
B.40        2168, 1987,-181
B.1.1.291    145,    1,-144
B.1.255      162,   50,-112
B           1743, 1678, -65
B.1.1.206     45,    1, -44
B.1.1.257    218,  179, -39
B.1.223      231,  198, -33
B.1.1.25      41,   15, -26
B.1.1.207     33,    9, -24
B.1.1.47      29,    9, -20
B.1.1.151    256,  238, -18
B.1.88       138,  121, -17
B.1.1.195     59,   42, -17
B.1.1.253    371,  355, -16
B.23         112,   98, -14
B.1.1.53      15,    1, -14
B.1.1.216     52,   40, -12
B.1.1.273     27,   15, -12
B.1.177.14    14,    2, -12
B.1.1.152     13,    1, -12
A.1           31,   20, -11
B.1.1.64     129,  119, -10
B.1.178       18,    8, -10
B.1.182       10,    1,  -9
B.1.1.31      11,    2,  -9
B.1.1.80      18,   10,  -8
B.1.1.237    352,  345,  -7
H.1           14,    7,  -7
B.1.1.104     31,   25,  -6
B.1.1.164    161,  156,  -5
B.1.1.245    299,  295,  -4
B.1.215       95,   91,  -4
B.1.75        90,   86,  -4
B.1.1.165     69,   65,  -4
B.1.1.127     33,   29,  -4
B.1.1.243     26,   22,  -4
B.1.3.1       20,   16,  -4
B.1.1.161      9,    5,  -4
B.29         159,  156,  -3
B.1.1.29     140,  137,  -3
B.1.258.5    105,  102,  -3
B.1.1.193     65,   62,  -3
B.1.173       29,   26,  -3
B.1.5.12      22,   19,  -3
B.1.186        7,    4,  -3
B.1.212        5,    2,  -3
B.3.1        555,  553,  -2
B.1.1.38     223,  221,  -2
B.1.252      133,  131,  -2
B.34          73,   71,  -2
B.1.1.95      30,   28,  -2
B.4           26,   24,  -2
B.1.1.261     13,   11,  -2
B.1.36.13     10,    8,  -2
B.1.277        9,    7,  -2
B.1.358        4,    2,  -2
B.1.1.297      4,    2,  -2
B.1.1.296    232,  231,  -1
B.1.1.59     156,  155,  -1
B.1.1.250     88,   87,  -1
B.1.1.313     71,   70,  -1
B.1.1.123     63,   62,  -1
B.1.81        33,   32,  -1
B.1.1.166     23,   22,  -1
B.1.1.260     20,   19,  -1
B.1.1.187     20,   19,  -1
B.1.1.266     17,   16,  -1
B.1.108       16,   15,  -1
B.1.177.21    12,   11,  -1
B.1.1.281      6,    5,  -1
B.1.177.25     4,    3,  -1
B.1.1.211      4,    3,  -1
C.13           3,    2,  -1
B.1.190        3,    2,  -1
B.1.324        2,    1,  -1
B.1.1.99       2,    1,  -1
B.1.1.84       2,    1,  -1
B.1.1.135      2,    1,  -1


strain
occurrance Jan03
occurrance Jan07
occurrance between Jan03 and Jan07
(report date ... ahh, this is useless since we have the sampling dates]
« Last Edit: January 08, 2021, 11:34:41 am by gsgs »

gsgs

  • Administrator
  • Full Member
  • *****
  • Posts: 196
    • View Profile
Re: spike-mutations
« Reply #2 on: January 09, 2021, 12:39:11 am »

>4 spike mutations surveilance picture

Jan03 :

Jan08 : http://magictour.free.fr/s2ukc-sp.GIF


growing mutations : A701V , Q23H , L18F , F157L (selected list)
growing strains : B.1.1.7 , B.1.351 , B.1.177.7 , B.1.177.6

and one ancient strain "A" appeared without D614G ,
mutations : F157L , V367F , Q613H , P681R  R102I , (L141F)
22 sequences from mid-Dec


 



Jan03 :
s2ukb1.GIF , aa-mutation-picture of 2443 randomly selected spike proteins
s2ukb-s4.GIF , 676 spike aa
s2ukb-s5.GIF
s2ukb-s5b.GIF big , with strain+mutation time-charts

Jan08 :
s2ukc-sp.GIF  , mutation picture of 2912 spike aa sequences
no time-charts of mutations and strains yet

« Last Edit: January 09, 2021, 02:38:57 am by gsgs »

gsgs

  • Administrator
  • Full Member
  • *****
  • Posts: 196
    • View Profile
Re: spike-mutations
« Reply #3 on: January 09, 2021, 09:46:50 am »
mutation table of the 27   C22033T viruses :

Code: [Select]

po                                      00001221011221101122222212202212022
si                                      00124888438716781122233418848808015
ti                                      39361286968985772200646051153870997
on                                      32198787468967486303600924677747080
                                        75453818077475526003114714738879158
--Index--------------------------------------------------------------------
  1 >Wuhan-Hu-1         ,2019-12-01,00  ...................................
  3 >England/MILK-CB1C77,2020-12-06,50  TTATTAA......TTTTTTATTGCTCATCAT....
  4 >England/MILK-CB1C86,2020-12-06,50  TTATTAA......TTTTTTATTGCTCATCAT....
  5 >England/MILK-CB1C68,2020-12-06,50  TTATTAA......TTTTTTATTGCTCATCAT....
  2 >England/MILK-C53AC8,2020-12-12,50  ......A......TTTTTTATTGCTCATCAT....
  6 >England/ALDP-C3D88E,2020-12-10,50  -...........TTTTTTTATTGCTCATCA-....
  7 >England/MILK-C91897,2020-12-12,50  ............TTTTTTTATTGCTCATCAT....
  8 >England/CAMC-C70D53,2020-12-16,51  ...........-TTTTTTTATTGCTCATCAT-...
  9 >England/ALDP-C8B57B,2020-12-16,51  ............TTTTTTTATTGCTCATCAT....
 10 >England/ALDP-CB55B4,2020-12-20,52  ........T...TTTTTTTATTGCTCATCAT....
 11 >England/LIVE-DCFF7C,2020-12-26,52  ........T..-TTTTTT-ATTGCTCATCAT-...
 21 >England/CAMC-BD17BD,2020-11-27,48  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 20 >England/CAMC-C4380D,2020-12-10,50  ...........-.TTTTTTATTGCTCATCAT-TTT
 14 >England/CAMC-C470E3,2020-12-10,50  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 22 >England/QEUH-C3151A,2020-12-11,50  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 12 >England/QEUH-C53F05,2020-12-11,50  ...........--TTTTT-ATTGCTCATCAT-T-T
 23 >England/QEUH-C5C7B9,2020-12-14,51  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 25 >England/ALDP-C8DE41,2020-12-15,51  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 17 >England/QEUH-C93640,2020-12-16,51  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 18 >England/ALDP-C8A0A8,2020-12-16,51  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 19 >England/ALDP-C88D1C,2020-12-16,51  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 24 >England/QEUH-C7F8BD,2020-12-16,51  .............T-TTTTATTGCTCATCATTTTT
 26 >England/ALDP-CBF602,2020-12-20,52  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 29 >England/QEUH-CC37F9,2020-12-21,52  .............TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 13 >England/ALDP-C3A168,2020-12-08,50  .........TG..TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 28 >England/ALDP-C8B432,2020-12-16,51  .........TG-.TTTTTTATTGCTCATCAT-TTT
 27 >England/OXON-F43F7E,2020-12-18,51  .........TG..TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 15 >England/ALDP-C8CD72,2020-12-14,51  .......A...R.TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
 16 >England/ALDP-C8CD72,2020-12-14,51  .......A...R.TTTTTTATTGCTCATCATTTTT
po                                      00001221011221101122222212202212022
si                                      00124888438716781122233418848808015
ti                                      39361286968985772200646051153870997
on                                      32198787468967486303600924677747080
                                        75453818077475526003114714738879158



gsgs

  • Administrator
  • Full Member
  • *****
  • Posts: 196
    • View Profile
Re: spike-mutations
« Reply #4 on: April 03, 2021, 03:14:28 am »
Code: [Select]
RBD:319-541
RBR:395-518
Bloom : 346,378,417,444,447,455f,484,490,486f     
        383f,452,419,384,475,472f
--------------------------------------------
(1) mutation in the RBD
(2) 1000*(4)/(3)
(3) number of sequences 0324 at cog-UK
(4) number of sequences 0324 at cog-UK
(5) #=match in the Bloom-picture


  (1), (2),   (3),   (4) (5)
E484K,1178,000965,001137  #

L452R,1330,000263,000350  #
F490S,1326,000202,000268  #
P384L,1308,000269,000352  #
K417N,1243,000393,000489  #
L455F,1176,000090,000106  #
S477R,1149,000113,000130
P384S,1148,000241,000277  #
T385N,1122,000212,000238

K458N,3223,000012,000039
Y449H,2624,000014,000037
Y449D,1900,000012,000023
G496S,1464,000032,000047
A372V,1390,000015,000021
K417T,1365,000027,000037  #
F490Y,1304,000016,000021  #
K529R,1286,000031,000040
N370H,1277,000032,000041
R346S,1270,000018,000023  #
L335F,1258,000042,000053 
E484Q,1238,000079,000098  #
Q321R,1232,000021,000026
E324K,1187,000026,000031
P322S,1183,000032,000038
Q493K,1160,000018,000021
K444N,1160,000018,000021  #
V483F,1155,000070,000081